Konec války zastihl Přemysla Pittra na balkánském bojišti, kde sloužil v pevnosti Bileća na hranicích mezi Hercegovinou a Černou Horou jako sanitní pomocník a následně jako velitel marodky. Z hlediska jeho pacifistického přesvědčení mu nová funkce plně vyhovovala, protože teprve tady podle svých slov mohl sloužit těm, co trpí. „Mám tu Bosence, Srby, Turčíny, Černohorce, Maďary, Poláky, Němce, Čechy – neznám rozdílů, všichni stejně potřebují služeb lásky.“
Zároveň však hrozilo riziko, že se od svých pacientů nakazí tyfem, skvrnitým tyfem, nebo úplavicí, které se zvláště na Balkánském poloostrově šířily velmi rychle. Velké nebezpečí představovaly také epidemie malárie, mezi lety 1916–1918 se v rakousko-uherské armádě vyskytlo na 250 000 případů onemocnění. „Co nezahubí zákeřná zbraň, zahubí malárie“.
Nakonec jí P. Pitter sám onemocněl v říjnu 1918, ale sotva pominuly nejhorší horečky a zimnice, vrátil se do služby. V této době se ale už blížil konec války, který doprovázel i rozklad rakousko-uherské monarchie. Příměří mezi prakticky již neexistujícím Rakousko-Uherskem a Dohodou bylo podepsáno 4. listopadu 1918. Tehdy pro P.Pittra válka skončila. Bilećskou pevnost obsadili srbské a černohorské partyzánské jednotky a on se společně s dalšími vojáky vydal na dlouhou cestu domů. „Přichází 4. listopad 1918. Srbští a černohorští komiti vcházejí za oslavné střelby do pevnosti, strhují nenáviděné žlutočerné prapory a vyvěšují svoje. V napěchovaném „dobytčáku“ odjíždím do Gruže a odtud parníkem kolem Splitu do Rjeky.“ Teprve v Rijece se s ostatními vojáky dověděl, že se Rakousko-Uhersko rozpadlo a vzniklo samostatné Československo. Dva týdny pak společně s ostatními českými vojáky vykonával pro jugoslávské úřady dobrovolnou službu a staral se o raněné a nemocné. Poté se 23. 11. 1918 vrátil do nově vzniklého Československa. Při slavném příjezdu T. G. Masaryka do Prahy 21. prosince 1918 tak mohl stát přímo proti vchodu do hlavního nádraží a pozorovat prvního prezidenta ČSR obklopeného legionáři.
Z války se však navrátil jiný člověk, než který se do ní na jejím počátku dobrovolně přihlásil. P. Pitter se vrátil jako hluboce věřící člověk a pacifista, který chtěl zasvětit svůj další život pomoci nejslabším. „Hrůzy, které jsem na bitevních polích prožil, úplně změnily mou mysl a já jsem toužil po zaměstnání, které by umožňovalo šířit mé duchovní poznání.“ Poté, co se zotavil z onemocnění malárií, začal proto studovat, aby mohl být zapsán na Husovu bohosloveckou fakultu, kam nastoupil v roce 1920. Od roku 1919 začal také kázat pod širým nebem. Také začal přemýšlet, jak nejlépe prospět lidem. Své putování první světovou válkou shrnul ve svém spisku Z mého života, který sepsal v roce 1920 takto: „Můj úkol je splněn a mohu se tedy vrátit do konečně domů, do vlasti, jež bude teď sama potřebovat mých služeb. Jakých? Ještě nevím. Ale Bůh mi ukáže.“